Suite à l’efflorescence de grande ampleur d’Alexandrium minutum et des événements toxiques associés en Rade de Brest en 2012, un projet a été monté avec la Région dans le cadre du développement du port de Brest, pour élucider les contrôles de cette efflorescence. De juillet à août 2013, l’Ifremer a organisé un échantillonnage serré dans l’estuaire de Daoulas, zone la plus touchée en 2012 (rapport d’avancement n°1). Une autre partie de ce projet vise à la détection (rapport d’avancement n°2) et à la quantification (rapport d’avancement n°3) des traces biologiques d’A. minutum dans les sédiments de surface en différentes stations de la Rade de Brest présentant des caractéristiques sédimentaires différentes.
Pour la détection des traces biologiques (ADN extracellulaire et kystes) d’A. minutum dans les sédiments de surface de la Rade de Brest, 30 stations ont été échantillonnées à pied dans la zone intertidale ou en plongée. Ces stations ont été sélectionnées pour :
i) leur géomorphologie côtière qui peut favoriser l’accumulation des kystes (baie, estuaires)
ii) leurs typologies sédimentaires (de vaseuse à sableuse) qui peuvent garantir une meilleure conservation et accumulation des kystes de dinoflagellés
iii) une faible bioturbation (l’absence d’organisme benthique)
iv) leur situation stratégique d’un point de vue économique (ports, zones touristiques, zones conchylicoles) et écologiques (zones d’efflorescence d’A. minutum).
La détection de traces biologiques est faite par méthode génétique (PCR spécifique), une technique plus rapide que les méthodes classiques en microscopie optique basées sur l’identification morphologique des kystes. En parallèle une caractérisation de la typologie sédimentaire (granulométrie) des stations analysées est faite dans cette étude pour chercher une possible corrélation entre typologie sédimentaire et présence ou abondance d’A. minutum.
Les analyses génétiques mettent en évidence la présence de la microalgue potentiellement toxique A. minutum (kystes ou ADN libre extracellulaire) dans toutes les stations. Les analyses génétiques ne permettent pas de discriminer les cellules vivantes (kystes) du matériel biologique inerte (ADN extracellulaire). Toutefois, elles permettent d’affirmer que les sédiments de toutes les stations échantillonnées sont caractérisés soit par la présence de kystes ou ont été en contact avec la microalgue toxique A. minutum. L’étude granulométrique des sédiments superficiels a mis en évidence la prédominance des sédiments les plus fins, de type vase ou vaso-sableux dans la partie orientale de la Rade. Une relation a été identifiée entre
typologie des sédiments et quantité d’ADN totale extrait de sédiments, pour les stations des zones estuariennes. Les stations avec un pourcentage plus élevé de sédiments fins ( 0,63?m) et donc une typologie sédimentaire sablo-vaseuse sont caractérisés par des concentrations d’ADN total (tous les organismes) plus élevées.
Il n’est pas possible à partir de ces premières analyses d’affirmer qu’il existe une relation entre la typologie sédimentaire et la quantité d’ADN d’A. minutum. Cette relation sera analysée une fois que les analyses quantitatives de l’ADN d’A.minutum par PCR en temps réel seront conduites. Ces analyses, couplées avec des expériences de germination d’A. minutum à partir des sédiments, feront l’objet du rapport final du projet Daoulex qui sera
présenté en Décembre 2014.
Notice détaillée
Étude sur la prolifération de la micro algue Alexandrium minutum en rade de Brest : Projet Daoulex Rapport d’avancement n° 2 : Analyse de s traces biologiques d’ Alexandrium minutum dans les sédiments de la Rade de Brest