La Trame verte et bleue (TVB) a pour objectif la préservation et la remise en « bon état » des continuités écologiques (CE). Cette politique publique veut être un outil d’aménagement du territoire. Elle est inscrite à la fois dans le code de l’environnement et de l’urbanisme. Elle se décline à différents niveaux de gouvernance, du national au local en passant par le régional. La cohérence entre ces niveaux est cadrée par la loi française. Mais une importante marge d’interprétation et de mise en œuvre de la politique est laissée aux territoires. Dans cette thèse, nous interrogeons les conditions permettant d’assurer la cohérence entre les projets des territoires ayant trait à la planification des CE. Pour cela, nous répondons à deux principales hypothèses sources de (in)cohérence : (i) l’incomplétude de la connaissance existante en écologie du paysage et son utilisation dans les territoires et, (ii) les processus de gouvernance mis en place pour saisir la marge d’adaptation de la politique, avec un focus sur les acteurs « relais » entre les projets des territoires. Ainsi, nous développons une notion de la « cohérence interterritoriale » basée sur le partage entre les acteurs des territoires d’une vision de l’organisation de l’espace. Nous en tirons une grille d’analyse de cette cohérence appliquée aux projets portant sur les CE. Cette grille présente trois volets : la dimension écologique, la multifonctionnalité et la gouvernance. Ces volets sont assortis de critères et d’indicateurs. La grille d’analyse a été appliquée à différents projets portés par des territoires « emboités » du niveau national au local, dans les régions Bretagne et Occitanie (pour l’ancienne région Languedoc-Roussillon). L’analyse est d’abord spécifique à chaque projet puis est ensuite comparative, de façon verticale entre les niveaux de gouvernance et horizontale entre mêmes niveaux de gouvernance. Nous montrons que la préservation des CE est un « wicked mess problem », dans le sens où il n’existe pas une solution unique et optimale face aux complexités écologiques et sociétales du sujet. Les territoires s’adaptent, traduisent, simplifient et ont leur propre représentation des concepts d’écologie du paysage. Les approches diffèrent du niveau national au local. L’approche naturaliste promue au niveau national devient une approche par l’occupation du sol au niveau local. De même, l’approche écologique devient multifonctionnelle en passant du code de l’environnement au code de l’urbanisme. La loi impose une cohérence descendante entre les territoires ce qui peut être source d’innovation ou au contraire limiter les initiatives par crainte du contentieux juridique. Les acteurs et les projets sont extrêmement divers. La planification des CE est une « patate plus ou moins chaude » que les territoires se repassent les uns aux autres. Les territoires porteurs de schémas de cohérence territoriale (SCoT) ou de plans locaux d’urbanisme (intercommunaux) (PLU(i)) sont souvent identifiés comme les plus pertinents pour traiter le problème. Mais l’application du principe de subsidiarité ne doit pas déresponsabiliser certains territoires, alors que les systèmes socio-écologiques sont de fait inter-échelles et donc interterritoriaux. Le rôle des acteurs « relais » entre les territoires est essentiel à la cohérence interterritoriale pour dynamiser voire créer les proximités organisées entre les territoires. La Trame verte et bleue est actuellement à un tournant suite aux récentes évolutions législatives. Les régions sont identifiées comme cheffes de file sur la biodiversité et sont dotées d’un nouveau schéma régional intégrateur absorbant, notamment, la TVB. La cohérence interterritoriale se construit dans le temps et méritera d’être analysée dans le temps.