Le chantier « Baie du Mont Saint-Michel » a été organisé en deux thèmes principaux :
• la capacité trophique de la baie du Mont-Saint-Michel : son estimation prend en compte la production primaire pélagique et microphytobenthique, la production secondaire pélagique (zooplancton) et benthique (macrozoobenthos), et les consommateurs secondaires (oiseaux et poissons). Les transferts et flux trophiques entre les différents compartiments physiques (interface eau/sédiment) et biologiques sont analysés et une modélisation biologique incluant la production primaire et les consommateurs primaires sera proposée.
• l’impact des perturbations anthropiques sur l’écosystème, abordés au travers de l’analyse du degré de résilience de certaines populations d’organismes benthiques et des capacités de récupération de l’écosystème après des altérations anthropiques accidentelles (introduction de la crépidule) ou programmées (développement de la conchyliculture).