La Petite Mer de Gâvres est une zone conchylicole classée salubre. L'activité principale actuelle est la pêche à pied semi-professionnelle ou familiale des coquillages et gastéropodes. De ce fait la denrée échappe 0 tout contrôle sanitaire.
A la suite de problèmes de salubrité rencontrés sur les coquillages de cette zone (rapport DRV 89-002 CSRU/La Trinité/Mer) une étude bactériologique plus approfondie portant principalement sur les coquillages fouisseurs (palourdes) a été entreprise pendant l'année 1989 sur 8 points d'observations.
Cette étude confirme l'insalubrité des coquillages pêchés dans la Petite Mer de Gâvres.
Malgré la proximité des sources de pollution de la Rade de Lorient et le petitesse du bassin versant il semble que ce soit ce dernier qui la contamine. Des problèmes locaux d'assainissement de la rive nord contribuent très probablement et également à cette insalubrité des gisements coquilliers par contamination du sédiment.